检查人员随后核查企业研发材料等费用情况，发现J公司2021年研发费用中的805万元材料费用、155万元动力燃料等辅助费用，主要是用于对企业产品性能进行常规性升级改进。而根据《财政部 国家税务总局 科技部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税〔2015〕119号 ）第一条第（二）项规定，此类改进升级相关的支出不应列入研发费用加计扣除范围。

此外，检查人员还发现，J公司2019年曾获得67万元研发废料处理收入，但企业却未进行扣减处理。根据《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第40号）第七条第二款规定，这些研发废料收入，企业应从已归集的研发费用中进行扣减，但J公司并未依法扣减相关费用。

检查人员对核查过程中确认的企业研发费用中的问题进行归集，对相关成本费用进行重新核算，确认J公司2019年—2021年税前共多列支研发费用1983万元，依照相关法规规定，企业应调增应纳税所得额1983万元。

作价增资，为何不及时缴税

在检查过程中，通过约谈企业财务负责人，核查J公司和其母公司MJ公司的账目资料和核算数据，检查人员也解开了企业在不动产核算方面的谜团。

原来，2016年8月，MJ公司召开股东大会，将名下一处不动产作价1.25亿元向J公司增资，并进行工商登记信息变更。

由于种种原因，当年这项不动产无法正常办理过户手续，所有权一直属于MJ公司，但实际使用权却已转移到J公司。直到2021年4月，MJ公司才与J公司正式办理了不动产过户手续，MJ公司申报缴纳增值税并向J公司开具增值税专用发票。这就是J公司2021年4月之前，一直在计提不动产折旧，却未缴纳城镇土地使用税的原因。

经过检查人员缜密、细致的核查，涉案企业在研发费用加计扣除和不动产核算方面的问题得以明确。此外，检查人员还发现，J公司在不动产计提折旧的过程中，虚增计税基础600万元，同时存在少申报产品购销合同金额、少缴印花税37万元的问题。

专项核查结束后，检查人员约谈了J公司、MJ公司负责人。向J公司负责人详细讲解了相关政策法规，并就企业在研发费用加计扣除等方面存在的问题进行了说明。同时，检查人员也向MJ公司负责人指出了企业以不动产作价向J公司增资的过程中，纳税申报出现违法行为的原因。

检查人员表示，该项不动产2016年8月J公司已实际使用并进行了入账确认，根据《增值税暂行条例实施细则》第三十八条第（七）项规定，该项不动产应视同销售，2016年8月MJ公司就该项不动产已具有增值税纳税义务。但MJ公司于2021年4月才就该项不动产申报缴纳增值税并开具发票。根据税收征收管理法第三十二条规定，由于MJ公司就该项投资涉税事项未及时申报缴纳增值税并开具发票，因此税务机关须依法对其加收滞纳金。