仲裁协议的独立性，或称仲裁协议的独立原则，是指这样一种情况：仲裁协议-主要是合同中的仲裁条款，与合同应被看作是两个不同的单独的协议，仲裁条款独立于合同的其它条款而存在，不因合同其它条款的无效而无效，也不因合同本身的存在与否受到任何影响。这通常称作仲裁协议或仲裁条款的可分割性或自主性理论。

仲裁条款的订立会产生这样两个结果：1、由于仲裁条款被看作是与主合同或基础合同完全不同的两个单独的协议，具有独立的性质，在主合同或基础合同被确认无效的情况下，仲裁条款可以独立于主合同或基础合同而单独存在。甚至在主合同或基础合同不存在的情况下，仲裁条款依然可以存在。

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2、既然仲裁条款独立于主合同或基础合同而独立存在，那么仲裁条款与主合同或基础合同可能会受不同的法律调整。尤其在国际仲裁活动中。

仲裁协议独立性既是理论问题又是实践问题。在提请仲裁的事项中，有些案件涉及主合同无效.如果按照一般的推理，主合同无效，主合同中的某一具体条款也就当然无效。但是在订有仲裁条款的情况下，仲裁庭却可以依据仲裁条款对合同的无效问题进行审理，并作出主合同有效或者无效的裁决。我国《仲裁法》第十九条已明确规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。仲裁庭有权确认合同的效力。”说明我国在立法中已经接受了仲裁条款独立原则。但在实践中，常常出现这方面的问题。例如无法人资格的法人分支机构对外签订合同，遇有纠纷提起仲裁时，仲裁庭是否有权受理、裁决该类案件，仲裁庭受理并作出裁决后，人民法院能否应一方当事人的申请，对这类案件作出仲裁庭无权受理的撤销裁定或裁定不予执行?

在理论研究方面，仲裁协议的独立性涉及对仲裁协议性质的认识，仲裁协议与主合同的关系等一系列问题。

仲裁协议独立性或称独立原则，在涉及不同的法律关系和不同的案件情况时，表现出相当复杂的特性，有必要对此进行分析，以便进一步研究。

1、主合同无效情况下仲裁条款的独立性

传统的观点认为，仲裁协议也属于一种合同，而且是次合同性质。仲裁条款是含有该条款的主合同的不可分的一部分，主合同无效，合同中的仲裁条款也理应无效。因为有效合同是仲裁条款的基础。按照这种观点，如果在提起仲裁申请后的抗辩中主张主合同无效，仲裁员的管辖权就成为问题。这对于希望避开仲裁程序的一方当事人来说，只要提出合同无效的异议，就可轻而易举地达到目的。但在仲裁协议独立原则下，仲裁庭、仲裁员却可以不理会这方面的异议，就案件的实质问题进行审理，包括对主合同是否有效的问题进行审理，并最终作出裁决。