但是在订立合同的主体不合格的情况下，情况就更为复杂。例如主体是不具有民事行为能力的人，不具有签订合同的能力，也就不具有签订合同中某一条款的能力。这种情况下，其于签订合同和合同中的仲裁条款时均不具有行为能力，不能依据仲裁条款独立原则确立仲裁庭对主合同是否有效问题的审理权。而在不具备法人资格的法人下属机构对外签订的合同中订有仲裁条款的情况下，仲裁庭却可以对主合同是否有效的问题进行审理，包括裁决由法人承担其下属机构的责任。因为法人的下属机构虽无资格签订合同，但在意思表示上不存在障碍，这与自然人无行为能力的情况不同。为保护相对人的利益，应由有责任能力的法人承担其下属机构的责任，合同中的仲裁条款视为独立存在。

在我国还有一种学说认为仲裁条款是否有效依赖于主合同变为无效的时间。如果合同在签订时有效，只是后来由于某种原因成为无效，仲裁条款的有效性就不会因此而受到影响;但是如果主合同自始无效，则仲裁条款就不可能有效地存在。对此种学说持反对意见的则认为，主合同是否无效以及主合同无效的时间，关系到双方当事人的重要权益，是只有经过仲裁的审理才可能最后确定的，如果不赋予仲裁庭依仲裁条款独立性而取得的对案件的审理权，如何能够确定主合同无效的时间?

2、主合同不存在情况下仲裁条款的独立性

在主合同可能不存在的情况下，仲裁条款是否还能够独立存在，是争议更大的一个问题。按照一般的推理，倘若主合同从来没有有效订立过，仲裁条款是否独立于其他合同条款而有效成立就成为重大疑问。因为从表面证据来看，一个从来就没有成立的合同应当包括其中的仲裁条款，从整体上说没有一个主合同，哪里来的其中的仲裁条款?

但是主合同是否存在的问题也是只有通过审理才能弄清的。在有些情况下，合同是真实存在的，只是一方当事人为了自己的利益而主张合同不存在，如果不对这种情况进行审理并查明后裁决，就使得无理的一方很容易地规避仲裁，有理的一方则丧失了通过仲裁维护利益的权利。

针对前述分割说，不同意见认为，仲裁庭、仲裁员依仲裁条款受理案件的过程，在程序上并不是一个分割的过程。所谓分割必须先有确定的整体，然后才可能从整体中分割出部分。但是在主张合同不存在的场合，是否存在整体都成了疑问，分割就无法进行。据此认为，仲裁庭在受理主合同是否存在的争执时，并不是先看整体的主合同是否完整，然后从中分割出仲裁条款，再确立管辖权的分割过程;而是一个程序继起的过程，是先审查仲裁条款的效力，决定自己是否具有管辖权，再对主合同的整体存在与否作出分析、判断，依双方当事人体现在仲裁条款中的共同意志，对双方作出有约束力的裁决的整体行为。