此时，根据财税〔2009〕59号文件，被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。因此，祁连山水泥股份公司取得6家设计院100%股权的计税基础为29.39亿元，中国交建股份公司和中国城乡控股集团作为被收购方股东，取得祁连山水泥股份公司12.85亿股的计税基础为130.73÷235.03×29.39=16.35（亿元）、取得祁连山水泥有限公司的计税基础为29.39－16.35=13.04（亿元）。

然而，祁连山水泥股份公司原确认的祁连山水泥有限公司计税基础为80.80亿元，但换取的6家设计院对应股权部分的计税基础为29.39亿元，由此，祁连山水泥股份公司将出现潜在投资损失51.41亿元，如确认该投资损失，则与特殊性税务处理不确认所得和损失的原理相悖；如不确认该投资损失，祁连山水泥股份公司将来处置6家设计院股权时（假设处置收入大于或等于交易时的公允价值，下同），会产生重复纳税问题。产生这个问题的根源是，我国税法允许股权置换适用特殊性税务处理，但股权置换本质上并不满足权益连续性的特殊性税务处理原理，仍视同权益连续采用计税基础替代和平移进行处理。

具体到本案例，祁连山水泥股份公司收购6家设计院100%股权时，以自身股权作为支付对价，收购了130.73÷235.03×100%=55.62%的部分，祁连山水泥股份公司取得股权的计税基础应为55.62%×29.39=16.35（亿元）。那么，对于股权置换部分，也即祁连山水泥股份公司以持有的祁连山水泥有限公司100%股权作为支付对价，换取6家设计院44.38%（100%－55.62%）股权时，祁连山水泥股份公司如何确认取得6家设计院合计44.38%股权的计税基础？对于这个问题，实务中有两种观点：

一种观点认为，收购的股权或资产的计税基础以换出股权的原计税基础确认。此时，收购方祁连山水泥股份公司以原持有的祁连山水泥有限公司的计税基础80.80亿元，作为取得6家设计院44.38%股权的计税基础。

另一种观点认为，收购企业取得的被收购企业股权的计税基础，应按被收购股权的原有计税基础确定。收购方持有原股权的计税基础与被收购企业股权的计税基础有差异的，差额部分应确定为当期损益。此时，收购方祁连山水泥股份公司以祁连山水泥有限公司股份换取的6家设计院44.38%股权的原计税基础，即29.39－16.35=13.04（亿元），作为取得股权的计税基础，对其与置出资产计税基础之间的差额，应确认为投资损失，即67.76亿元。

对于组合式股份支付的情形，如果适用特殊性税务处理，建议交易各方与各自主管税务机关充分沟通，准确确认计税基础，防范后续税务风险。